日本技術者教育認定機構（JABEE：Japan Accreditation Board for Engineering Education ）による認定制度とは、大学など高等教育機関で実施されている技術者教育プログラムが、社会の要求を満たし，国際的な技術者教育の水準を満たしているかどうかを、国際的な技術者教育の質を保証するワシントン協定（Washington Accord）＊に加盟している外部機関が公平に評価し、要求水準を満たしている教育プログラムを認定する専門認定（Professional Accreditation）制度です。
本校においては，2005年4月に熊本電波工業高等専門学校（専攻科）の教育プログラム「電子・情報技術応用工学コース」が「電気・電子・情報通信およびその関連分野」で，また，八代工業高等専門学校（専攻科）の教育プログラム「生産システム工学」が「工学（融合複合・新領域）関連分野」でそれぞれ日本技術者教育認定機構（JABEE）技術者教育プログラムとして認定されました。
2009年10月、２つの工業高等専門学校は熊本高等専門学校として再編統合され、それぞれの専攻科ではカリキュラムの一部変更を行いましたが、2010年度認定継続審査において、日本技術者教育認定機構（JABEE）技術者教育プログラムとして認定が継続されました。
熊本高等専門学校のJABEE対応教育プログラム名（専攻）
- 電子・情報技術応用工学コース（電子情報システム工学専攻）
- 生産システム工学（生産システム工学専攻）
＊ワシントン協定加盟国 オーストラリア、カナダ、香港、アイルランド、ニュージーランド，南アフリカ、イギリス、アメリカ、日本、シンガポール、台湾、韓国、マレーシア。
暫定加盟国 ドイツ、インド、ロシア、スリランカ、パキスタン、トルコ